Le département a été créé à la Révolution française, le 4 mars 1790 en application de la loi du 22 décembre 1789, à partir de la province du Quercy, faisant partie du gouvernement de Guyenne. Il était alors beaucoup plus étendu qu'aujourd'hui vers le sud, incluant notamment la ville de Montauban, mais fut amputé d'environ un quart de sa superficie au moment de la création du département de Tarn-et-Garonne en 1808.